■フロントコントローラ

大枠（レイアウト部分）が置いてあるディレクトリのパスはここで指定してもよいと思う。

/public_html/index.php

Zend_Layout::startMvc(array(
    'layout'     => 'layout',// layout.phtml
    'layoutPath' => '../application/modules/admin/views/layouts/'// path
));
$front = Zend_Controller_Front::getInstance();

■コントローラ

まぁ大体一つのコントローラ内でレイアウトが変わるなんて事はないから、initで設定してイイよね。

    /**
     * init
     * @return void
     */
    public function init()
    {
        $this->_helper->layout->setLayout('layout');// layout.phtml
        //$this->_helper->layout->setLayoutPath('../application');// path
        $this->_helper->layout->assign('menu', $this->view->render('menu.phtml'));
    }

こんな感じにしておけば、以下の様な感じでイケる！

■ビュー

/application/modules/admin/views/scripts/index/index.phtmlの部分は$this->layout()->contentに出力される。

/application/modules/admin/views/layouts/layout.phtml

<div id="sidebar">
<?php echo $this->layout()->menu ?>
</div>
<div id="main">
<?php echo $this->layout()->content ?>
</div>

■その他の設定

    /**
     * init
     * @return void
     */
    public function init()
    {
        $this->_helper->layout->setLayout('layout');// layout.phtml
        $this->_helper->layout->assign('menu', $this->view->render('menu.phtml'));
        $this->_helper->layout->disableLayout();// レイアウトを無効化できる
        $this->_helper->layout->setContentKey('main');// デフォルト名$this->layout()->contentを$this->layout()->mainに変更できる
    }