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その前にポート3306は初期状態では閉じられているので開ける。

iptables -I INPUT -j ACCEPT -p tcp -s x.x.x.x --dport 3306

IPはクライアント側のIP。このIPからだけ接続できる。192.168.1.%のようにワイルドカードも使える。

GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* to user@'192.168.1.1' IDENTIFIED BY 'password';